研究生

姓名

司景磊

入学日期

2017年9月

指导教师

兰干球 教授

论文题目

大白猪饲料利用效率遗传和微生物标记挖掘及宿主遗传与肠道微生物互作关系的研究

论文主要研究内容及重要结论（≤300字）：

论文主要研究内容：

利用简化基因组测序对大白猪饲料利用效率及采食行为性状进行全基因组关联分析（GWAS），筛选与性状相关的宿主遗传变异；利用微生物16S rRNA基因测序结合宏基因组测序技术筛选与饲料利用效率及采食行为相关的粪便微生物标记；初步研究了宿主基因组与80日龄粪便微生物间的相互作用关系。

论文重要结论：

筛选到14个与RFI和FCR显著相关的候选基因，免疫、炎症和代谢可能是影响RFI和FCR性状的重要信号通路；发现与RFI（如unidentified_Lachnospiraceae和Lactobacillus）、FCR（Prevotella和Lactobacillus）、ADG（Roseburia）、BF（unidentified_Coriobacteriaceae和Prevotella）、ADFI（unidentified_Coriobacteriaceae和Corynebacterium）、NVD（unidentified_Rikenellaceae）、TFD（unidentified_Acidimicrobiales）、TV（SMB53）、FR（Corynebacterium和Faecalibacterium）性状显著相关的肠道微生物。影响微生物丰度的基因功能主要涉及炎症、免疫和代谢途径；生长性能测定早期肠道微生物与宿主遗传变异存在较弱的联系。

论文的创新点内容：

（1）利用16S rRNA和宏基因组技术首次对大白猪生长性能测定早期粪便微生物与RFI和FCR之间的关系进行探讨，发现高饲料利用效率组中主要富集Lachnospiraceae（Roseburia_sp_CAG_182、Lachnospiraceae_bacterium_COE1、Lachnospiraceae_bacterium_10_1等）、Ruminococcaceae（R_sp_CAG_177、R_sp_D5、R_sp_CAG_382、R_sp_CAG_563等）和Clostridiaceae（C_sp_bornimense、C_sp_butyricum、C_sp_celatum等）等菌；而低饲料效率组中主要是Lactobacillus（Lactobacillus_reuteri、Lactobacillus_johnsonii等）。

（2）利用mGWAS分析了生长性能测定早期大白猪粪便微生物组成与宿主遗传变异之间的相互作用关系，发现生长性能测定早期肠道微生物与宿主遗传变异存在较弱的联系。

（3）鉴定了影响SMB53、Turicibacter、Clostridium、[Ruminococcus]、02d06五个菌属相对丰度的宿主遗传变异位点及基因，发现这些基因主要涉及免疫、炎症和代谢途径。